據文化部文化資產局記載，澎湖天后宮為「闔澎」三大公廟之首，也是全台灣歷史最悠久的「媽祖廟」。起源可遠溯自宋、元以來，福建漳、泉一帶商賈或漁夫路經澎湖時，在海邊搭建的小廟。而可考證的史蹟為天后宮中保存的「沈有容諭退紅毛番韋麻郎等」石碑。事件是明神宗萬曆卅二年(西元1604年)，當時的荷蘭東印度公司司令韋麻郎(Wijbrand Warwijck)率領數百名荷蘭人登陸澎湖，且有意進佔，而由浯嶼都司沈有容在天后宮與韋麻郎會面，並勸其撤離。
清康熙廿二年(西元1683年)福建水師提督施琅攻克澎湖，施琅將功勞歸於媽祖顯靈庇佑，於是奏請康熙皇帝加封。清廷派禮部郎中雅虎專程來澎湖致祭，並在隔年(西元1684年)加封媽祖為「護國庇民妙靈昭應仁慈天后」，從此媽祖宮又被稱為「天后宮」。清乾隆、嘉慶、道光、光緒時期，天后宮均有修建。
日治大正八年(民國八年，西元1919年)重修時，發現埋在地下的沈有容碑。日治大正十一年（民國十一年，西元1922年）因天后宮殘破不堪，再次由馬公的台廈郊商與在地仕紳倡議進行大規模重建，並聘請潮州大木師藍木主事，為現今巍峨廟貌的基礎。民國七十二年(西元1983年)指定為台閩地區第一級古蹟，並展開修復工作。
澎湖天后宮廟埕前方設有照壁，照壁上彩繪麒麟踏四寶。
廟埕右前方立有民國七十四年所立的「澎湖縣媽祖宮保存整建記」。
三川門上中脊有久經歲月的交趾陶、剪粘，中央為「龍馬負圖」。
中門上方的木結構與木雕，作工精細、饒富古意。
龍虎門旁的壁堵也展現質樸工藝，虎堵還加上了澎湖特有的咾咕石。
中門內簷下懸大正癸亥年(民國十二年，西元1923年)信眾所獻的「保彼東方」匾。
中門內三川殿中央設拜桌，紅色六角形地磚也是稀有的建材。
三川殿上方由臺廈郊商所獻的「帡幪臺廈」匾。
三川殿保留了許多大師工藝，如精細的人物故事、表情生動的獅子和雕工繁複的花朵。
三川殿兩側架設了媽祖的執事牌與儀仗。
儀仗的雕工也頗為細緻。
三川殿兩側廂房的牆面也發現罕見的磚雕工藝。
三川殿前有拜庭，前方為抬高基座的正殿。五開間的正殿，正面全是木結構建築，窗花的雕刻也令人讚嘆！
正殿前的「御路」已歷經風霜，風化難以辨識。
後殿共設三殿，正殿內的石柱多為日治時期改建時所立，上有珍貴的書法柱聯。
正殿左側牆面上發現清乾隆四年(西元1739年)澎湖海防與水師的捐香費碑，字跡已模糊難辨。
另一面清道光廿五年(西元1845年)重修喜捐碑。
正殿莊嚴而富有古意。
正殿主龕安奉鎮殿媽祖，神桌供奉中壇元帥、城隍尊神(推測)、福德正神。
正殿主龕上方懸乾隆皇帝賜「與天同功」匾，但原匾已失，此為日治時期仿製。
正殿主龕前中壇元帥及大、二、三媽，因澎湖天后宮媽祖受皇帝賜封，所以都為金面媽祖。
主龕內的鎮殿媽祖。
主龕前中央的大媽。
神桌左側安奉主席靈應侯康、孚佑帝君、文衡帝君、慈濟真人及副主席觀音佛祖神位。有此主席、副主席之稱謂，應與澎湖曾盛行扶鸞的鸞堂信仰有關。
正殿神桌最左側奉城隍尊神。(推測)
正殿供桌右側安奉虎爺神龕。
正殿左殿為育麟宮，主祀註生娘娘、送子觀音。
育麟宮神龕內祀註生娘娘及十二婆姐。
育麟宮所祀註生娘娘慈祥和藹。
正殿右殿為節孝祠。
節孝祠為清道光十八年(西元1838年)由通判魏彥儀捐建，供奉631位貞潔烈女牌位。龕前供奉福德正神。
節孝祠前有招財的元寶金紙，應與土地公求財有關。
第三進為後殿，二樓簷下懸「清風閣」。
後殿亦分為三殿，其間以過水廊互通。
後殿正殿主祀聖父母積慶公及夫人神位。
後殿正殿祀積慶公、夫人神位、大成至聖先師祿位。
後殿正殿左右亦安奉千里眼、順風耳將軍神尪。
後殿正殿門內擺設由石獅壽昌宮所贈的白玉媽祖。
後殿左偏殿供奉的軟身媽祖，據說已有400年歷史。傳說此神像源自天津元鎮殿，文革時期被偷渡至海外，輾轉由澎湖天后宮購入。
後殿右偏殿展示了「台灣第一古碑」、「台灣第二古碑」。
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